Тэцуро, мальчик из захолустного городка, попадает в центр ультрасовременного города, где находится планетарная станция «Мегаполис». От этой станции отходит Галактический экспресс 999, на который пытается попасть Тэцуро. Он крадет билет и его пытается поймать полиция механических людей. Неожиданно Тэцуро спасает таинственная Мейтел, с которой он будет вместе путешествовать на экспрессе. Мальчик хочет отомстить механическим людям, в частности графу Мекке, за смерть матери, убитой во время охоты на людей. Почти на всех планетах во вселенной, в том числе и на Земле, люди устали быть под гнётом Механизированной империи и устроили восстание. Тэцуро Хосино уже несколько лет участвует в неутихающей войне на Земле. Люди проигрывают, а Тэцуро находится в отчаянии, но вдруг видит, как на Землю прибывает Галактический экспресс 999, а через некоторое время ему в руки попадает сообщение от Мэйтел с просьбой вернуться на 999-й. С боем он кое-как прорывается на станцию и отбывает на поезде в своё новое приключение, полное тайн и загадок.