Альтернативная реальность, соответствующая началу XX века. В руках девочки по имени Сита находится Летающий Камень. За ним охотятся агенты правительства и пираты, потому что Камень представляет огромную ценность. Пытаясь скрыться от преследователей, Сита встречает Падзу, своего ровесника, работающего в шахтерском городке. Вместе дети выясняют, что Камень — ключ к таинственному летающему острову Лапута. Это приключение начинается, когда Пазу, подмастерье инженера, знакомится с девочкой Ситой, буквально упавшей с неба к нему на руки. Сита летела на дирижабле, который подвергся атаке воздушных пиратов. Она бы разбилась, но её спасает сила висящего на шее талисмана, за которым и охотились пираты.Вскоре вдвоём они отправляются на поиски легендарного небесного замка Лапута, путь к которому открывает талисман. Однако дорога не будет простой: алчные пираты, секретные правительственные агенты и армия встанут на их пути к тайне летающего острова, последнего следа исчезнувшей древней цивилизации...