Третий сезон продолжает основную сюжетную линию фильма. «Мифрил» делает своё обычное дело, противодействует террору и экстремизму, помогает гасить локальные конфликты. Похоже, Тидори Канаме уже ничего не угрожает, и командование чем дальше, тем больше задаётся вопросом: какой смысл держать возле девушки Сагару, который нужен для боевой работы и испытаний «Арбалеста»? Главные герои тем временем заканчивают школу. Сагара впервые задумывается: что же он будет делать дальше? Каким он хочет видеть своё будущее? События сериала разворачиваются спустя два месяца после случившегося на подлодке «Туата Де Дананн» в конце первого сезона. «Мифрил» узнаёт о секретной организации, владеющей технологией, способной взломать ECS (систему электронных замков). Эта организация, известная как Амальгама, также обладает некоей «тёмной технологией», полученной от «виспера», такого же, как Канамэ Тидори, и, как и другие секретные службы, не хочет останавливаться на достигнутом... Когда миссия Сосукэ по защите Тидори отозвана «Мифрилом», всё необходимое для плана Амальгамы расставлено на места...