Маленькая любопытная рыбка Поньо — дочь колдуна и прекрасной морской богини — уплывает из дома, чтобы понаблюдать за жизнью людей. Поньо застревает в банке и оказывается выброшенной на берег. Её подбирает пятилетний Сосукэ. Малыши привязываются друг к другу, и теперь у Поньо только одно желание — стать человеком. Однажды маленький мальчик по имени Соскэ спасает золотую рыбку, назвав её Поньо. Заботясь о ней, он в какой-то момент замечает, что это не простая рыбка: множество странных вещей происходит, когда она рядом. Загадка разрешается, как только за Поньо является её отец — могучий волшебник, живущий под водой, и насильно возвращает её в морские глубины.Поньо, томясь в заточении, страстно желает стать человеком, что в итоге приводит к нарушению хрупкого природного баланса и вызывает на поверхности ужасное цунами, угрожающее жизни людей... И только мать Поньо, прекрасная морская богиня, способна восстановить равновесие природы и воплотить мечту Поньо в реальность.