Десятиклассник Кайто Даймон – типичный хулиганистый гений, в жизни его интересуют не академические успехи, а лишь решение загадок и головоломок. Кайто вовсе бы не ходил в школу, да мешает подруга детства Ноноха Ито – спортивная и энергичная девчонка, взвалившая на себя всю тяжесть забот о «непутевом». Впрочем, академия «Квадратный корень» сама по себе странная – в ней полно любителей паззлов, а Содзи Дзикукава, президент школьного Совета и клуба головоломок, сумел озадачить самого Даймона. Взяв парня «на слабо», коварный Содзи отправил его в смертельный лабиринт, пройдя который с помощью Нонохи, Кайто получил «контракт Орфея» - устройство, позволяющее на полную мощь использовать возможности мозга под названием «фи брэйн».
Теперь Кайто – один из Решателей, немногих избранных, способных справиться с кознями всемирной тайной организации, изобретающей все новые неразрешимые загадки. Под боевым псевдонимом Эйнштейн и в компании с верной Нонохой (куда от нее денешься?) главный герой начинает жизнь в среде, где не признают громких слов и дутых авторитетов. Положение в иерархии Решателей надо завоевывать и доказывать делом, щелкая, как орешки, все новые задачки и приближаясь к «мистерии Бога». А зачем все это нужно директору школы и зловещей мировой закулисе – пожалуй, самая главная загадка сериала! «Действительно ли головоломки необходимы в этом мире?» Для того, чтобы вернуть память Дзина, Кайто и его друзья отправляются в визуальное путешествие в Англию. Они идут через подземный лабиринт под церковью, где когда-то маленькие Кайто и Рук впервые встретили Дзина, перед ними появляется загадочная девушка.Дзин называет её именем «Раэтсель». Кажется, они знают друг друга. Однако, она внезапно исчезает вместе с Дзином. Более того, в подземном лабиринте активируются ловушки. С этого момента начинаются новые приключения Кайто и его друзей.